Gmach Szpitala został wzniesiony w latach trzydziestych według projektu architektów Romualda Gutta i Józefa Jankowskiego. Pierwotnie budowany na siedzibę biur Zakładu Ubezpieczeń Pracowników Umysłowych, przekształconą w tym okresie w Zakład Ubezpieczeń Społecznych. Wszystkie prace budowlane ukończono w 1934 roku.
Podczas Powstania Warszawskiego gmach przy ul. Czerniakowskiej służył nie tylko jako kluczowa pozycja powstańcza na drodze wzdłuż Książęcej ze Śródmieścia na Powiśle, lecz również, jako szpital powstańczy, który był wielokrotnie przedmiotem ataku artyleryjskiego i lotniczego. We wrześniu '44 roku, kiedy doszło do kapitulowania powstania, szpital na wyraźne żądanie władz niemieckich został pospiesznie ewakuowany do klasztoru śś Wizytek na Krakowskim Przedmieściu, gdzie przez prawie miesiąc trwał i wypełniał obowiązki medyczne. Następnie został przeniesiony do Szpitala Wolskiego, a wraz z nim do Komorowa, gdzie w Październiku 1944 roku Szpital ZUS-u został rozwiązany.
Po wojnie, po renowacji i odbudowie uszkodzonego budynku mieściły się w nim biura Zakładu Ubezpieczeń Społecznych, Ministerstwa Pracy i Opieki Społecznej oraz Wydziału Rent. Jednak w 1956 roku zapadła decyzja o ponownym przekazania obiektu na potrzeby szpitalne. Powyższe plany zrealizowano w roku 1957, a szpitalowi nadano rangę Szpitala Wojewódzkiego. Ten etap zdominowany był przez prace adaptacyjne, remontowe, kształtowanie się poszczególnych oddziałów. Już w tym czasie przyjmował dużą liczbę pacjentów z Warszawy i okolic.
Kliniczny Szpital Zespolony to drugi etap, w którym jednostka przejęła rolę bardziej konsultacyjną i specjalistyczną dla nowopowstałych szpitali w regionie trzech województw, nad którymi sprawuje nadzór Centrum Medyczne Kształcenia Podyplomowego. Jest to również okres powolnego i naturalnego przekształcenia oddziałów w kliniki akademickie.
Trzeci etap, który należy wyróżnić, to czas Państwowego Szpitala Klinicznego, Szpitala specjalistycznego, oferującego bardzo trudne procedury medyczne dla pacjentów z całej Polski oraz kształcenie podyplomowe w wąskich dziedzinach medycyny, także o zasięgu krajowym.
We wszystkich etapach stałym elementem było świadczenie usług medycznych dla pacjentów z Warszawy. Szpital posiada swoją rangę, a lekarze reputację.
Historia istnienia Szpitala wskazuje na uznanie za trud włożony w zabezpieczenie medyczne regionu mazowieckiego, jak również w wyszkolenie personelu dla powstających przychodni i szpitali.
Niewątpliwie najmocniejszą stroną Szpitala są ludzie. Z jednej strony liczni lekarze o bardzo wysokich kwalifikacjach i ogromnym potencjale intelektualnym, z drugiej strony personel pielęgniarski o znakomitym wykształceniu i bardzo profesjonalnym podejściu do pacjenta i jego potrzeb.
Szpital i jego działalność to nie tylko część „biała", lecznicza. To również skomplikowane zaplecze techniczno-administracyjne, które jest sprawne, a ludzie pracujący bardzo zaangażowani w dobre imię Szpitala.
